Năm 442, theo thỉnh cầu của Khấu Khiêm Chi, Thái Vũ Đế đã lên một cái bục và chính thức nhận được bùa hộ mệnh Đạo giáo từ Khấu, và đổi hiệu kỳ của mình thành màu lam, để thể hiện niềm tin Đạo giáo của mình và chính thức chuẩn y đưa Đạo giáo trở thành quốc giáo. Từ thời điểm đó, các hoàng đế Bắc Ngụy khi lên ngôi có một truyền thống là nhận các bùa hộ mệnh Đạo giáo. Cũng do thỉnh cầu của Khấu Khiêm Chi và Thôi Hạo, ông bắt đầu cho xây Tĩnh Luân cung (靜輪宮), với ý muốn rằng với độ cao lớn, nó sẽ được yên tĩnh và gần gũi với thần thánh. (Thái tử Hoảng là một Phật tử, ông ta phản đối kế hoạch xây dựng vì chi phí quá lớn, song Thái Vũ Đế không nghe theo.)

Mùa thu năm 443, trong lúc tấn công Nhu Nhiên, Thái Vũ Đế đột ngột phải chạm trán với Uất Cửu Lư Ngô Đề, và Thái tử Hoảng khuyên ông tấn công ngay lập tức, song Thái Vũ Đế đã do dự và để cho Uất Cửu Lư Ngô Đề trốn thoát. Từ thời điểm đó, Thái Vũ Đế bắt đầu lắng nghe lời khuyên của Thái tử Hoảng một cách nghiêm túc, và trong mùa đông năm 443, ông ủy quyền cho Thái tử Hoảng thực hiện tất cả các công việc của đế quốc ngoại trừ những việc quan trọng nhất, dưới sự giúp đỡ của Khâu Mục Lăng Thọ (丘穆陵壽), Thôi Hạo, Trương Lê (張黎), và Thổ Hề Bật. Thái tử Hoảng nhanh chóng lập ra một chính sách để khuyến khích nông nghiệp bằng cách buộc những người có quá nhiều gia súc phải cho những người không có thuê lại, những người thuê gia súc sẽ trả tiền thuê bằng cách cày bừa trên các vùng đất của chủ sở hữu gia súc, việc này đã làm tăng năng suất của các vùng đất trồng trọt lên rất nhiều.

Năm 444, đã xảy ra sự cố tranh giành quyền lực đầu tiên và việc này sẽ diễn ra trong suốt thời kỳ trị vì cuối của Thái Vũ Đế. Độc Cô Hiệt (獨孤絜), một quan cấp cao, người đã phản đối việc tấn công Nhu Nhiên, đã bị Thôi Hạo buộc tội đố kị với Thôi, rằng Độc Cô Hiệt đã phá hoại nỗ lực chiến tranh của Thái Vũ Đế bằng cách làm cho các tướng sai hẹn, và sau đó lập kế hoạch để Nhu Nhiên bắt được Thái Vũ Đế và lập hoàng đệ là Thác Bạt Phi làm hoàng đế. Thái Vũ Đế xử Độc Cô Hiệt tội chết, còn Thác Bạt Phi thì chết do lo âu. Hơn nữa, vì Độc Cô Hiệt đã ám chỉ đến họ trong lúc bị thẩm vấn, các quan Trương Tung (張嵩) và Khố Địch Lân (庫狄鄰) cũng bị xử tử.

Đến mùa hè năm 444, tám cháu trai của vua Thổ Dục Hồn Mộ Dung Mộ Lợi Diên (慕容慕利延) đã đầu hàng Bắc Ngụy sau khi một người anh em của họ tên là Mộ Dung Vĩ Thế (慕容緯世) bị bá phụ Mộ Lợi Diên giết chết, họ còn đề nghị Thái Vũ Đế tấn công Thổ Dục Hồn. Đáp lại, Thái Vũ Đế cử con trai là Tấn vương Thác Bạt Phục La (拓拔伏羅) đi đánh Thổ Dục Hồn và đã đánh bại được đội quân của nước này, buộc Mộ Dung Mộ Lợi Diên phải chạy trốn đến Bạch Lan sơn (白蘭山, tây nam tỉnh Thanh Hải ngày nay). Năm 445, khi bị một họ hàng xa của Thái Vũ Đế là Thác Bạt Na (拓拔那) đuổi theo, Mộ Dung Mộ Lợi Diên đã chạy về phía tây và chiếm đất Vu Điền tại Tây Vực. (Tuy nhiên, sau vài năm, Thổ Dục Hồn lại được tái lập ở vị trí ban đầu.)

Năm 445, tức giận trước việc Chân Đạt (真達), quốc vương của nước Thiện Thiện từ chối cho sứ thần của Bắc Ngụy đi qua lãnh thổ để đến các vương quốc khác tại Tây Vực, Thái Vũ Đế đã cử tướng Thổ Vạn Độ Quy (吐萬度歸) đi đánh Thiện Thiện, và đến mùa thu năm 445 thì Chân Đạt đã đầu hàng. Bắc Ngụy chiếm Thiện Thiện.

Vào mùa thu năm 445, nghe theo lời tiên tri rằng "Ngô" sẽ diệt Ngụy, một người Hung Nô tên là Cái Ngô (蓋吳) đã bắt đầu một cuộc nổi dậy chống lại Bắc Ngụy tại Hạnh Thành (杏城, nay thuộc Diên An, Thiểm Tây), và Cái Ngô đã nhanh chóng tập hợp được một số lượng lớn người tham gia, cả tộc Hán và Hung Nô. Cái Ngô cũng chịu trở thành chư hầu của Lưu Tống và tìm kiếm trợ giúp từ triều đại này. Các nỗ lực ban đầu của những viên quan địa phương nhằm dập tắt cuộc nổi loạn của Cái Ngô đã thất bại, và Cái Ngô càng trở nên mạnh hơn, tự xưng là Thiên Đài vương. Đến mùa xuân năm 446, Thái Vũ Đế đích thân tấn công và đánh bại một đồng minh của Cái Ngô là tướng nổi loạn người Hán Tiết Vĩnh Tông (薛永宗), trước khi đối mặt với Cái Ngô. Cái Ngô chạy đến vùng núi, và Thái Vũ Đế đã tiến hành thảm sát những người đã ủng hộ Cái Ngô. Sau khi Thái Vũ Đế đến Trường An, ông tìm thấy một số chùa Phật giáo có vũ khí bên trong, và ông tin rằng các sư tăng hành động cùng với Cái Ngô, và do đó đã thảm sát các sư tăng tại Trường An. Thôi Hạo đã sử dụng cơ hội này đã khuyến khích Thái Vũ Đế hãy thảm sát tất cả các sư tăng trên toàn quốc và phá hủy các chùa, tượng và kinh Phật. Ông sau đó ra chiếu chỉ ngăn cấm Phật giáo trên toàn quốc. Tuy nhiên, Thái tử Hoảng đã sử dụng chiến thuật trì hoãn trong việc ban hành các chiếu chỉ, tạo điều kiện cho các Phật tử chạy trốn hoặc đi ẩn thân, song đã không còn một ngôi chùa Phật giáo nào còn tồn tại ở Bắc Ngụy. Đây là điều đầu tiên trong họa Tam Vũ.

Mùa xuân năm 446, tin tưởng một cách sai lầm rằng thứ sử Thanh châu (青州, nay là trung bộ và đông bộ Sơn Đông) của Lưu Tống là Đỗ Ký (杜驥), đào ngũ sang phía mình, Thái Vũ Đế đã cử Thác Bạt Na và Thác Bạt Nhân (拓拔仁, con trai của Thác Bạt Kiện) đi hộ tống Đỗ Ký, và đánh Thanh châu, Duyện châu (兗州, nay là tây bộ Sơn Đông) và Ký châu (冀州, nay là tây bắc bộ Sơn Đông) của Lưu Tống, và mặc dù quân Bắc Ngụy không thể chiếm được hay giữ được châu nào, thì các châu này cũng đã trở nên nhiễu loạn bởi các cuộc tấn công.

Mùa hè năm 446, Cái Ngô trở lại Hạnh Thành và lại trở nên mạnh mẽ một cách nhanh chóng. Thái Vũ Đế đã cử Thác Bạt Na và Thác Bạt Nhân đi đánh Cái Ngô, và Thác Bạt Na đã bắt được hai thúc bá của Cái Ngô. Ban đầu, hai người này bị giải đến Bình Thành, song tướng Bộ Lục Cô Sĩ (步六孤俟) lại đề xuất rằng hãy thực hiện một lời thề cùng với hai người và lệnh cho họ giết chết Cái Ngô. Thác Bạt Na đồng ý, các thúc bá của Cái Ngô đã ám sát ông ta, cuộc nổi loạn của Cái Ngô cũng kết thúc.

Năm 447, tin rằng Thư Cừ Mục Kiền bí mật cất giữ kho bạc của Bắc Lương trong khi tuyên bố rằng chúng bị cướp bóc lúc giao chiến, Thái Vũ Đế đầu tiên đã thảm sát gần như toàn bộ gia tộc Thư Cừ, và sau đó buộc Thư Cừ Mục Kiền và Mục Kiền phu nhân phải tự sát.

Năm 448, Thái Vũ Đế lập tướng Xuất Đại Hãn Bạt (出大汗拔) làm Thiện Thiện vương, trên thực tế biến Thiện Thiện trở thành một phần của đế quốc Bắc Ngụy. Ông cũng lệnh cho Thổ Vạn Độ Quy (吐萬度歸) tiến đánh một số vương quốc khác ở Tây Vực, buộc các nước này phải chịu khuất phục.

Vào mùa đông năm 448 và mùa xuân năm 449, Thái Vũ Đế và Thái tử Hoảng cùng nhau tấn công Nhu Nhiên, song Xử khả hãn Uất Cửu Lư Thổ Hạ Chân của Nhu Nhiên đã trốn tránh và không giao chiến với họ. Tuy nhiên, đến mùa thu năm 449, Thác Bạt Na đã có thể khiến cho Nhu Nhiên chịu tổn thất nặng, và trong nhiều năm Nhu Nhiên đã không còn tấn công Bắc Ngụy.

Năm 450, Thái Vũ Đế buộc tội Lưu Tống Văn Đế đã cổ vũ cho cuộc nổi loạn của Cái Ngô nên đã tiến đánh Lưu Tống, bao vây Huyền Hồ (懸瓠, nay thuộc Trú Mã Điếm, Hà Nam) trong 42 ngày nhưng không thể chiếm được thành, và cuối cùng ông đã rút lui.

Đến năm 450, một bí ẩn chính trị lớn đã xảy ra tại Bắc Ngụy khi không rõ vì nguyên cớ nào, Thái Vũ Đế đã quyết định giết Thôi Hạo cùng với toàn bộ gia tộc của ông ta và bất cứ người nào mang họ Thôi xuất thân từ quê hương của Thôi là quận Thanh Hà (清河, gần tương ứng với Hình Đài, Hà Bắc hiện nay), cũng như một vài gia tộc khác có quan hệ thông gia với Thôi. Lý do được công bố là Thôi Hạo đã tiết lộ quá mức điều ô nhục của hoàng tộc khi ông ta viết và cho lưu hành một chính sử. Sử gia hiện đại Bá Dương suy đoán rằng Thôi Hạo có thể đã tiết lộ việc Đạo Vũ Đế (ông nội của Thái Vũ Đế) là một kẻ phản bội, và rằng Thôi Hạo sau đó đã có một đối đầu chính trị lớn với Thái tử Hoảng. Tuy nhiên, suy đoán của Bá Dương, mặc dù có một số chứng cứ hỗ trợ, song lại chưa thể thuyết phục, và tại sao Thái Vũ Đế lại quá vội vàng và khắt khe trong việc trừng phạt người mà ông đã tin tưởng trong suốt nhiều năm vẫn còn chưa rõ. (Một điều đáng lưu ý là trong toàn bộ sự cố, Thôi Hạo được mô tả là sợ hãi đến mức không thể nói được một lời nào, và điều này mâu thuẫn với tính cách và nhân phẩm của Thôi Hạo; và ngay sau khi xử tử Thôi Hạo, Thái Vũ Đế đã bày tỏ sự hối tiếc vì đã làm như vậy.)

Vào mùa thu năm 450, Lưu Tống Văn Đế mở một cuộc tấn công lớn chống lại Bắc Ngụy, hy vọng đoạt lại các châu ở phía nam Hoàng Hà, chia quân làm hai hướng tấn công, đạo quân phía đông tấn công Nghiêu Ngao (碻磝, nay thuộc Liêu Thành, Sơn Đông) và Hoạt Đài, còn đạo quân phía tây tấn công Thiểm Thành và Đồng quan. Theo lệnh của Thái Vũ Đế, quân Bắc Ngụy bỏ Nghiêu Ngao và phòng thủ Hoạt Đài, còn bản thân Thái Vũ Đế tiến về phía nam để giải vây cho Nghiêu Ngao trong khi Thái tử Hoảng tiến về phía bắc để phòng thủ một cuộc tấn công có thể xảy ra của Nhu Nhiên. Tướng Vương Huyền Mô (王玄謨) của Lưu Tống là người có đội quân hùng mạnh, ban đầu nhận được sự ủng hộ rộng rãi của nhân dân gần Hoạt Đài. Song khi sự ủng hộ bị mất đi, ông đã không thể chiếm được Hoạt Đài một cách nhanh chóng, và khi Thái Vũ Đế đến, quân Lưu Tống đã sụp đổ. Khi hay tin này, Văn Đế đã lệnh cho quân Lưu Tống rút lui (mặc dù khi đó đạo quân phía tây của Lưu Tốn do tướng Liễu Văn Cảnh (柳文景) chỉ huy đã thành công trong việc đánh chiếm Thiểm Thành và Đồng quan và chuẩn bị tiến vào vùng Quan Trung).

Để trả đũa cho cuộc tấn công của Lưu Tống, Thái Vũ Đế đã phát động một cuộc tất công toàn lực đánh các châu phía bắc của Lưu Tống. Thác Bạt Nhân nhanh chóng chiếm được Huyền Hồ và Hạng Thành (項城, nay thuộc Chu Khẩu, Hà Nam) và cướp phá trên đường đến Thọ Dương. Thái Vũ Đế tiến đến Bành Thành, song đã không bao vây thành được bảo vệ nghiêm ngặt này; thay vào đó, ông tiến về phía nam, tuyên bố rằng sẽ vượt Trường Giang và phá hủy kinh thành Kiến Khang của Lưu Tống. Cả hai đại quân của ông và một nhánh quân khác mà ông cử đi đều tiến hành tàn sát và đốt phá nặng nề, khiến cho vùng Hoài Hà của Lưu Tống bị tàn phá. Khoảng tết năm 451, Thái Vũ Đế đã tiến đến Qua Bộ (瓜步, nay thuộc Nam Kinh, Giang Tô), song vào lúc này ông lại tái đề xuất đề nghị hòa bình-hôn nhân mà ông đã đưa ra trước đây, theo đó nếu như Văn Đế gả một con gái cho một cháu nội của ông, ông sẽ sẵng sàng gả một con gái cho con trai của Văn Đế là Lưu Tuấn (người khi đó đang bảo vệ Bành Thành), thiết lập hòa bình lâu dài. Thái tử Lưu Thiệu của Lưu Tống đã ủng hộ đề nghị này, song Giang Đam (江湛) lại phản đối, và đề nghị hôn nhân đã không được chấp thuận. Vào mùa xuân năm 451, lo ngại rằng quân Bắc Ngụy đã quá căng thẳng và sẽ bị tấn công phía sau bởi quân Lưu Tống đóng tại Bành Thành và Thục Dương, Thái Vũ Đế bắt đầu rút quân, và trên đường, do bị tướng Tang Chí (臧質) của Lưu Tống xúc phạm, ông đã bao vây thành Hu Dị (盱眙, nay thuộc Hoài An, Giang Tô), và sau khi cả hai bên đều phải chịu tổn thất nặng nề, ông đã nhanh chóng rút quân. Chiến dịch này gây tổn thất nặng cho cả hai đế quốc và bộc lộ sự tàn nhẫn trong tính cách của Thái Vũ Đế, như sử gia Tư Mã Quang đã mô tả:

Quân Ngụy đã khiến các châu Nam Yên, Từ, Bắc Yên, Dự, Thanh và Ký tan hoang. Số người Tống chết và bị thương không đếm xuể. Khi quân Ngụy bắt gặp những nam nhân trẻ tuổi người Tống, họ sẽ chặt đầu hoặc cắt đôi những người này. Các trẻ sơ sinh thì bị đâm bằng giáo, và các giáo sau đó sẽ được lắc khiến các trẻ sơ sinh phải thét lên để làm trò tiêu khiển. Các quận và huyện có quân Ngụy đi qua bị đốt cháy và tàn sát, và thậm chí cây cỏ cũng không còn. Khi những con chim sẻ trở lại vào mùa xuân, chúng không thể tìm thấy nhà để làm tổ, vì thể chúng phải làm tổ trong các khu rừng. Binh sĩ và chiến mã của Ngụy cũng bị thương vong hơn một nửa, và tất cả người Tiên Ti đều oán thán.

Một phần khác trong tính cách của Thái Vũ Đế cũng đã được biểu lộ trong bối cảnh đất nước đang giao chiến, ông vẫn duy trì việc nới lỏng các lễ nghi ngoại giao chính thức. Ví dụ, khi ông ở bên ngoài Bành Thành, ông đã yêu cầu Lưu Tuấn cung cấp cho mình rượu và mía, trong khi tặng cho Lưu Tuấn một món quà gồm lạc đà, la, và áo choàng. Sau đó, ông yêu cầu cam từ Lưu Tuấn trong khi tặng cho Lưu Tuấn chăn, muối và đậu ngâm. Những điều tương tự đã xảy ra khi ông ở Qua Bộ, khi đó ông đã yêu cầu và gửi quà tặng đến và đi với Lưu Tống Văn Đế. (Tạng Chí đã làm ông phát cáu khi gửi nước tiểu đến khi ông yêu cầu rượu, do đó đã phá vỡ mô hình trao đổi quà tặng chính thức.)

Năm 451, bất ổn chính trị tiếp diễn, lần này Thái tử Hoảng và các cộng sự của mình là nạn nhân. Thái tử Hoảng được coi là người có khả năng và tài quan sát, nhưng đã quá tin tưởng các cộng sự. Thái tử Hoảng rất không ưa hoạn quan Tông Ái, và Tông Ái đã quyết định hành động trước, người này cáo buộc các cộng sự của Thái tử Hoảng là Cừu Nê Đạo Thịnh (仇泥道盛) và Nhâm Bình Thành (任平城) phạm tội, và hai người này đã bị xử tử. Hơn nữa, nhiều cộng sự khác của Thái tử đã bị kéo vào vụ việc và cũng bị giết. Bản thân Thái tử Hoảng lâm bệnh trong lo âu và qua đời vào mùa hè năm 451. Tuy nhiên, ngay sau đó, Thái Vũ Đế đã phát hiện ra rằng Thái tử Hoảng không có tội, và trở nên rất hối tiếc vì đã xử tử các cộng sự của Thái tử. Ông không lập thái tử mới, mặc dù trong một thời gian ngắn ông đã lập con trai của Thái tử Hoảng là Thác Bạt Tuấn làm Cao Dương vương song sau đó đã bãi bỏ, ông suy tính rằng người thừa tự của thái tử không nên chỉ được phong làm thân vương, điều này cho thấy rằng ông dự định để Thác Bản Tuấn kế vị ngai vàng.

Do Thái Vũ Đế giành nhiều thương nhớ cho Thái tử Hoảng, Tông Ái trở nên lo lắng, và đến mùa xuân năm 452 thì ông ta đã ám sát Thái Vũ Đế. Ban đầu, một số triều thần định lập con trai của Thái Vũ Đế là Đông Bình vương Thác Bạt Hàn (拓拔翰) làm hoàng đế, song vì Tông Ái cũng có quan hệ không tốt đẹp gì với Thác Bạt Hàn, ông ta đã giả lệnh của Hách Liên Hoàng hậu để lập một người con trai khác của Thái Vũ Đế là Nam An vương Thác Bạt Dư làm hoàng đế, trong khi buộc Thác Bạt Hàn phải chết.